Tên gọi "Vatican" đã được dùng trong thời đại của Cộng hòa La Mã là một vùng đầm lầy bên bờ tây sông Tiber cắt qua thành phố Rome. Dưới thời kỳ Đế quốc La Mã, nhiều ngôi làng được xây dựng ở đây, sau khi Agrippina the Elder (14 TCN – 18 tháng 10, 33) tháo khô vùng này và xây dựng các khu vườn của bà vào đầu thế kỷ 1. Năm 40, con trai bà là hoàng đế Caligula (31 tháng 8, 12–24 tháng 1, 41; r. 37–41) xây dựng trong các khu vườn của bà một đấu trường (năm 40) mà sau này được Nero hoàn thiện, có tên gọi Circus Gaii et Neronis,[8] hay gọi tắt là "Rạp xiếc của Nero"].[9]

Ngay trước sự chuyển đến của Kitô giáo, nó được cho rằng đây là phần đất hoang không có người sinh sống của Rome. Vùng đất ấy được thần thánh bảo vệ chu đáo hoặc ít nhất là nơi không thích hợp để sinh sống. Khu vực này cũng đã là nơi trước kia thờ phượng nữ thần Phrygian Cybele và người chồng là Attis suốt thời gian của Đế quốc La Mã Cổ đại.[10] Agrippina Cả (14 trước Công nguyên - 18/10 năm 33 sau Công nguyên) đã rút nước ở ngọn đồi và những khu vực lân cận để xây khu vườn của bà từ trước thế kỉ thứ nhất sau Công nguyên. Hoàng đế Caligula (31/8/12 - 24/1/41 sau Công nguyên, triều đại: 37 - 41 sau Công nguyên) bắt đầu xây dựng một trường đấu vào năm 40 sau Công nguyên và được hoàn thành bởi Nero, trường đấu Gaii et Neronis. Tháp kỉ niệm Vatican được sáng tạo một cách độc đáo bởi Caligula đến từ Heliopolis để trang hoàng trường đấu và cũng là vật còn sót lại đến ngay nay.[11] Khu vực này trở thành nơi tử đạo của nhiều Kitô hữu bởi ngọn lửa lớn ở Rome vào năm 64. Truyền thuyết cổ xưa kể rằng nơi này Thánh Phêrô bị đóng đinh treo ngược vào thập giá.[12] Đối diện đấu trường là một nghĩa trang tách ra bởi Via Cormelia. Những công trình chôn cất, lăng tẩm và mồ mả nhỏ cũng như bàn thờ thần ngoại của những tôn giáo khác được xây dựng kiên cố trước khi công trình quảng trường Constrantinian Thánh Peter được xây dựng một nửa vào thế kỷ 4 sau Công nguyên. Những tàn tích của nghĩa trang ngày một tăng dần lên qua các triều đại Giáo hoàng khác nhau suốt thời kì Phục Hưng, cho đến khi chúng được khai quật có hệ thống theo lệnh của Giáo hoàng Piô XII từ năm 1939 đến năm 1941.

Vào năm 326, ngôi thánh đường đầu tiên, quảng trường Constantinian, được xây dựng trên mộ của thánh Peter.[13] Từ khi xuất hiện thánh đường, bắt đầu có dân cư nhưng thưa thớt quanh quảng trường. Nơi ở của Giáo hoàng nằm gần quảng trường, được xây dựng ngay từ thế kỉ V trong suốt triều đại Giáo hoàng Symmachus (? - 19/6/514, triều đại: 498 - 514).[14]

Các Giáo hoàng trong một vai trò không thuộc tôn giáo đã đến cầm quyền các khu vực lân cận, lập ra Nhà nước của Giáo hoàng, có quyền lực trên phần lớn bán đảo Ý hơn một nghìn năm đến giữa thế kỷ 19, khi lãnh thổ của Nhà nước của Giáo hoàng bị tịch thu bởi sự thành lập của Vương quốc Ý. Trong thời gian ấy, Vatican, nhưng đúng hơn là điện Lateran, những thế kỉ gần đây là lâu đài chính phủ Ý không phải là nơi ở thường xuyên của Giáo hoàng, mà là tại Avignon, Pháp.

Vào năm 1870, tài sản của Giáo hoàng bị bỏ lại trong một trường hợp không rõ ràng khi Rome tự sáp nhập bởi Piedmontese sau sự kháng cự yếu ớt của lính Giáo hoàng. Giữa năm 1861 và 1929, uy tín của Giáo hoàng được đề cập trong quyển "Những câu hỏi về Giáo hội Công giáo Rôma". Giáo hoàng không bị làm phiền tại nơi ở của các Ngài, và được công nhận bởi sự bảo lãnh của pháp luật. Nhưng các Ngài không được vua Ý công nhận khi ra luật ở Rome, và họ từ chối cho phép vùng đất Vatican cho đến khi sự bất hòa của đôi bên được giải quyết vào năm 1929. Các nước khác tiếp tục duy trì sự công nhận quốc tế rằng Tòa Thánh là một thực thể tối cao. Ý không có ý định can thiệp vào Tòa Thánh trong thành Vatican. Tuy nhiên, họ đã tịch thu tài sản của Giáo hội ở nhiều nơi, đặc biệt bao gồm lâu đài chính phủ Ý, nơi ở chính thức trước kia của Giáo hoàng. Giáo hoàng Pius IX (13/3/1792 - 7/2/1878, triều đại: 1846 - 1878), quốc trưởng cuối cùng của Nhà nước của các Giáo hoàng, đã nói rằng sau khi Rome sáp nhập, Ngài là "Người tù của Vatican". Mốc quan trọng là vào ngày 11/2/1929 giữa Tòa Thánh và vương quốc Ý. Hiệp ước được ký kết giữa Benito Mussolini và Pietro Cardinal Gasparri thay mặt cho vua Victor Emanuel III và Giáo hoàng Pius XI (31/5/1857 - 10/2/1939, triều đại: 1922 - 1939) thay mặt cho Tòa Thánh.[2] Hiệp ước Lateran và giáo ước (hiệp ước giữa Giáo hoàng và chính phủ một nước) đã thành lập Thành Quốc Vatican (nước Vatican), cùng với việc công nhận Công giáo có vai trò quan trọng tại Ý.[15] Năm 1984, một giáo ước mới giữa Tòa Thánh và Ý sửa đổi một số điều khoản của giáo ước trước đây, bao gồm vị thế của Công giáo như quốc giáo của Ý.[15]